Per prima cosa in AS3 lo swapDepths non è più valido, bisogna usare lo swapChildren o swapChildrenAt, ma probabilmente questo l'hai già compreso da solo.
Mentre per quanto riguarda la prima domanda a cui non hai ancora avuto risposta [...] bisogna che quando usi AS3 cancelli dalla testa quello che sai della nidificazione che usavi in AS2.
Infatti in AS3 non importa dove crei l'oggetto inizialmente, per "inserirlo" visivamente in un clip devi solo usare il metodo addChild legato a tutti i displayobjectcontainer.
Attenzione inoltre al fatto che Actionscript è case sensitive da un paio di versioni, quindi movieClip non è uguale a MovieClip.
Codice PHP:
var myFirstClip:MovieClip = new MovieClip(); // creo il primo clip
var mySecondClip:MovieClip = new MovieClip(); // creo il secondo clip
addChild(myFirstClip); // aggiungo il primo clip allo stage
myFirstClip.addChild(mySecondClip); // aggiungo il secondo clip al primo clip