Non prenderla a male, ma non hai molto capito come funziona il CSS.
Le regole di CSS hanno un peso, il quale è definito dal numero e dal tipo di elementi che la regola definisce (per tipo di elementi intendo se la regola si applica su elementi HTML, class o id).
Le regole hanno un peso maggiore maggiore è l'unicità del tipo di elemento, cioè la classe avrà un peso maggiore dell'elemento HTML generico, dato che ci sono meno elementi con class, e quindi class è una specializzazione dell'elemento ed ha più valore. Allo stesso modo l'ID è una specializzazione ancora più importante di class ed ha quindi più peso.
Ma l'attributo style sull'elemento è la specializzazione più importante di tutte, perché la regola li definita è UNICA ed è, quindi, la più pesante.
Proprio per questo sei sempre sicuro che alterando la proprietà style tramite JS l'elemento avrà quell'aspetto e basta.
Se vuoi ritornare all'aspetto originale hai due opzioni: o ridefinisci con JS la proprietà style in modo che sia come quella originale o, più semplicemente, chiami removeAttribute('style') sull'elemento che cancella tutte le modifiche JS effettuate.