Provo a farti una sintesi.

Tu includi le varie pagine nella index tramite lo switch che verifica il contenuto di una variabile, potresti utilizzare lo stesso valore per selezionare dalla relativa tabella del database l'opportuno record i cui campi sono appunto tutte le entità che ti interessano per il SEO.

L'estrazione dei dati la fai prima dell'output html e li utilizzerai nei punti che ti servono, ad esempio un campo potrebbe essere quello del meta keywords, estrai il relativo valore con una SELECT e lo inserisci in una variabile tipo $_meta_keywords

l'head sarà unico per tutte le sezioni, quindi il meta tag potrebbe essere:

Codice PHP:
echo '<meta name="keywords" lang="it" content="'.$_meta_keywords.'" />' ; 
stesso discorso per tutti gli altri valori