La tua domanda non è diversa da: "come faccio a fare un disegno? che matita dovrei usare?"
Dipende dal tipo di immagini con cui lavori, dal grado di pulizia della scansione e del disegno originale, dallo scopo del lavoro.
Si può fare praticamente ogni cosa, ma a seconda delle caratteristiche del lavoro che si deve fare bisogna procedere in maniera diversa.