ho un disco esterno con una cartella per tutti i siti.

Dentro ho:

dominioblablabla.it
dominiosounacippa.com
etc

Dentro ogni cartella ho i dati server, ed una cartella "materiale" dove, possibilmente organizzato in cartelle che seguono la struttura del sito, ho tutto il materiale.

Poi ho una cartella "bozze" con le bozze del layout.

Se è un sito statico ho una cartella www.dominioblablabla.it dove c'è dentro tutto il sito.

Se è un sito dinamico ci lavoro direttamente sul server che tanto ho le latenze molto basse, e mentre è in lavorazione blocco la cartella con password.

Tutto qui credo.