Si hai ragione, avevo sbagliato a copiare, il div và nel body.
Cmq sono alle prime armi e forse sbaglio il concetto proprio di intestazione.
La pagina che io chiamo intestazione non è altro che una pagina che mi mostra un logo in alto, un'immagine di background, e un footer. Il codice del intestazione.jsp è:

<%@page contentType="text/html" pageEncoding="UTF-8"%>
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN"
"http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
<link href="<%=request.getContextPath()%>/css/mio_css_verde.css" rel="stylesheet">
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
<title>JSP Page</title>
</head>
<body background="<%=request.getContextPath()%>/images/s6.jpg">


<center> <a href="http://www.fides.it" >
[img]<%=request.getContextPath()%>/images/logoFides.jpg[/img]
</a></center>


<center> <a href="<%=request.getContextPath()%>/index.jsp" >
[img]<%=request.getContextPath()%>/images/scritta_SRD.jpg[/img]
</a></center>

<div >
<center> <p class="footerHome">© 2008-09 xxxxxxxxxx S.r.l.

xxxxx
</p>

</center>
</div>
</body>
</html>

Poi il mio menuPrincipale.js é:

var ron="#0C58BA"; // Colore al MouseOver
var roff="#C6DDF9"; // Colore di default
var leftmargin=170; // Distanza dal margine sinistro della pagina
var topmargin=70; // Distanza dal margine superiore della pagina
var largo=125; // Larghezza dei layers, quindi distanza (orizzontale) fra i sottomenu
var voci=new Array();
voci[0]=new Array("JavaScript","StaffScripts","UserScripts","F lyScripts","P.O.J.","Newsgroup icly")
voci[1]=new Array("Documenti","F.A.Q & Answers","Tutorials","Lezioni","Risorse e Downloads","Biblioteca","Links");
voci[2]=new Array("About us","Staff","Collaboratori","Contatti","Credits" );
voci[3]=new Array("Varie","Servizi Gratuiti","Sondaggi","Hanno detto di noi","Banner","Advertising","Questo menu...");
var links=new Array();
links[0]=new Array("","#","#","#","#")
links[1]=new Array("","#","#","#","#","#","#")
links[2]=new Array("","#","#","#","#")
links[3]=new Array("","#","#","#","#","#","http://www.jsdir.com")
var wst=new Array();
wst[0]=new Array("Risorse JavaScript nel sito","Gli script dello Staff di JsDir - Le schede ti insegnano anche a personalizzarli ed a capirne il funzionamento","Gli Script pubblicati dai nostri visitatori. Contribuisci anche tu alla raccolta, puoi farlo on-line inviando i tuoi lavori che saranno *immediatamente* visibili al nostro pubblico!","Una serie di Wizards per programmare on-line gli scripts per il tuo sito!","Chi l\'ha detto che JavaScript serve solo per far girare delle immagini o controllare i form? Scopri in questa pagina applicazioni inedite (ed insospettabili) di JavaScript","Finalmente un NG che da\' riposte serie a chi ha bisogno di aiuto!!! (-=Gigio 2K=-)");
wst[1]=new Array("Imparare JavaScript","Le Faq di JsDir - Sono piu\' di 400 ed aumentano in continuazione! In quale altro sito trovi tante FAQ?","I tutorials sono dei micro manuali che volta per volta affrontano argomenti di interesse generale","Le lezioni di JavaScript ed un corso introduttivo all\'HTML","Un grande archivio (quasi 35 MegaBytes) di documentazione su JavaScript - Dal sito di Netscape","Una panoramica di libri dedicati a JavaScript","Sono innumerevoli i siti presenti in rete dedicati a JavaScript. Questa raccolta, lungi dall\'essere esaustiva, comprende gia\' molti links, aiutaci nella raccolta segnalandoli allo staff");
wst[2]=new Array("Chi lavora a JsDir","Le persone che lavorano (giorno e notte!) a JsDir","Alcuni amici che saltuariamente (ma non tanto...) contribuiscono alla crescita di JsDir","Per scrivere al WebMaster ed agli altri autori del sito","Amici e siti che ci hanno aiutato nel setup del sito");
wst[3]=new Array("Altri link e servizi","I servizi gratuiti di JsDir, una valida alternativa offerta da JsDir ai WebMasters italiani","Vogliamo conoscere meglio il nostro pubblico. Vota in HomePage il sondaggio del mese, i risultati sono pubblici ed accessibili da questo link","Consentite anche a noi un po\' di autocelebrazione! In questa pagina raccogliamo le recensioni ed i pareri su qeusto sito","Vuoi scambiare un banner con JsDir?","Fra un po' sara' possibile fare promozione tramite JsDir","Il sito in cui &egrave; reperibile lo script di questo menu...");
var nn=document.layers?true:false,conta=0,last=0;
if (nn)
{
document.write("<LAYER NAME=mtop. position=absolute left="+leftmargin+" top="+topmargin+" width=50 height=15 clip=0,0,50,15 bgColor="+roff+" visibility=visible onMouseOver=showdeps(last,false);mroll('mtop.') onMouseOut=unmroll('mtop.')>Home</LAYER>");
for (i=0;i<voci.length;i++)
{
var n=i;
document.writeln("<LAYER NAME=mtop"+n+". position=absolute left="+eval(leftmargin+50+largo*i)+" top="+topmargin+" width="+largo+" height=15 clip=0,0,"+largo+",15 bgColor="+roff+" visibility=visible onMouseOver=MostraMenu("+i+");mroll('mtop"+i+".'); conta++ onMouseOut=last="+i+";unmroll('mtop"+i+".');conta--><DIV ALIGN=center><A HREF=javascript:mroll('mtop"+i+".') CLASS=menuNNb>[I]"+voci[0]+"</A></DIV></LAYER>");
for (l=1;l<voci[i].length;l++)
document.writeln("<LAYER NAME=mdep"+i+"."+l+" position=absolute left="+eval(leftmargin+50+largo*i)+" top="+eval(topmargin+15*l)+" width="+largo+" height=15 clip=0,0,"+largo+",15 bgColor="+roff+" visibility=hidden onMouseOver=mroll('mdep"+n+"."+l+"');conta++ onMouseOut=unmroll('mdep"+n+"."+l+"');conta--><A HREF=javascript:mroll('mdep"+n+"."+l+"') onClick=vai('"+links[i][l]+"',"+i+","+l+") CLASS=menuNN>"+voci[i][l]+"</A></LAYER>");
}
}
else
{
document.write("<DIV ID=mtop. STYLE=\"position:absolute;left:"+leftmargin+";top: "+topmargin+";width:50;height:15;background:"+roff +";visibility:visible;cursor:hand\" onMouseOver=showdeps(last,false);mroll('mtop.') onMouseOut=unmroll('mtop.')>Home</DIV>");
for (i=0;i<voci.length;i++)
{
var n=i;
document.writeln("<DIV ID=mtop"+n+". STYLE=\"position:absolute;left:"+eval(leftmargin+5 0+largo*i)+";top:"+topmargin+";width:"+largo+";hei ght:15;background:"+roff+";visibility:visible;curs or:hand\" onMouseOver=MostraMenu("+n+");mroll('mtop"+n+".'); conta++ onMouseOut=last="+n+";unmroll('mtop"+n+".');conta--><DIV ALIGN=center CLASS=menuIEb>[I]"+voci[0]+"</DIV></DIV>");
for (l=1;l<voci[i].length;l++)
document.writeln("<DIV ID=mdep"+i+"."+l+" STYLE=\"position:absolute;left:"+eval(leftmargin+5 0+largo*i)+";top:"+eval(topmargin+15*l)+";width:"+ largo+";height:15;background:"+roff+";visibility:h idden;cursor:hand\" onMouseOver=;mroll('mdep"+n+"."+l+"');conta++ onMouseOut=unmroll('mdep"+n+"."+l+"');conta-- CLASS=menuIE onClick=vai('"+links[i][l]+"',"+i+","+l+")>"+voci[i][l]+"</DIV>");
}
}

timer=setInterval("NascondiMenu()",1000)

function NascondiMenu()
{
if (conta==0)
{
coloratutti(true)
timer=setTimeout("coloratutti(false)",200);
timer=setTimeout("showdeps(last,false)",250);
}
}

function coloratutti(col)
{
colore=col?ron:roff;
for (i=0;i<voci.length;i++)
for (j=1;j<voci[i].length;j++)
{
if (nn)
document.layers["mdep"+i+"."+j].bgColor=colore;
else
if(document.all)
document.all["mdep"+i+"."+j].style.background=colore;
else
document.getElementById('mdep'+i+"."+j).style.back ground=colore;
}
}

function MostraMenu(n)
{
showdeps(last,false);
showdeps(n,true);
last=n;
}

function showdeps(n,act)
{
if (conta==0)
{
act?stat="visible":stat="hidden";
if (nn)
for (i=1;i<voci[n].length;i++)
document.layers["mdep"+n+"."+i].visibility=stat;
else
for (i=1;i<voci[n].length;i++)
if(document.all)
document.all["mdep"+n+"."+i].style.visibility=stat;
else
document.getElementById('mdep'+n+"."+i).style.visi bility=stat;
}
}


function vai(dove,r,c)
{
lev=nn?document.layers["mdep"+r+"."+c]document.all)?document.all["mdep"+r+"."+c].style:document.getElementById("mdep"+r+"."+c).sty le;
if (nn)
{
lev.bgColor=roff;
timer=setTimeout("lev.bgColor=ron",50)
timer=setTimeout("lev.bgColor=roff",100)
timer=setTimeout("lev.bgColor=ron",150)
timer=setTimeout("lev.bgColor=roff",200)
timer=setTimeout("lev.bgColor=ron",250)
}
else
{
lev.background=roff;
timer=setTimeout("lev.background=ron",50)
timer=setTimeout("lev.background=roff",100)
timer=setTimeout("lev.background=ron",150)
timer=setTimeout("lev.background=roff",200)
timer=setTimeout("lev.background=ron",250)
}
timer=setTimeout("self.location.href='"+dove+"'",3 50)
}

function mroll(l)
{
nn?document.layers[l].bgColor=rondocument.all)?document.all[l].style.background=ron:document.getElementById(l).s tyle.background=ron;
document.getElementById?document.getElementById(l) .style.cursor=document.all?'hand':'pointer':'void( 0)';
if (l.substr(0,4)=="mdep")
stringa=wst[l.substr(4,l.indexOf(".")-4)][l.substring(l.indexOf(".")+1,l.length)];
else if (l.length>5)
stringa=wst[l.substr(4,l.indexOf(".")-4)][0];
else stringa="Home Page";
window.status=stringa;
timer=setTimeout("window.status=stringa",20);
}

function unmroll(l)
{
nn?document.layers[l].bgColor=roffdocument.all)?document.all[l].style.background=roff:document.getElementById(l). style.background=roff;
window.status="";
}


Che non è altro che un menu a scorrimento ancora da linkare e sistemare, ma funzionante (preso dalla rete).
Poi l'accorpamento come detto sopra è:

<%@ include file="/Jsp/intestazione.jsp" %>
<html>
<head>
</head>
<body>
<div align=center>
<script language="JavaScript" src="<%=request.getContextPath()%>/menuPrincipale.js" type="text/javascript">
</script></div>
</body>
</html>


Sarei lieto di essere corretto.
Ciao grazie