Ti ricordo che SQL nella sua sintassi per la creazione e/o modifica di DB e tabelle ha anche l'opzione IF NOT EXISTS.

Esempio:
Codice PHP:
CREATE TABLE IF NOT EXISTS tbl_name 
Al tuo posto aggiungerei questa opzione nel metodo che crea la tabella e/o il DataBase.
Se tale metodo usa JDBC la cosa è semplice (basta aggiungere il IF NOT EXISTS nell'istruzione SQL), nel caso si usi framework come Hibernate la cosa potrebbe risultare un pò più ostica...cmq Hibernate ed i vari framework hanno nei loro siti delle guide....