ti ho consigliato di scaricarti il mio date extras apposta per questo. importi lo script nella pagina e poi fai:

codice:
function checkDate(form){
   
   //Il tuo codice

   //Trasformo la stringa nell'oggetto Date corrispondente
   DataOraInizio = Date.parseFromFormat(DataOraInizio, "%d/%m/%Y %H:%i");
   DataOraFine = Date.parseFromFormat(DataOraFine, "%d/%m/%Y %H:%i");

   //Controllo che la data di fine non sia DOPO la data d'inizio
   if(DataOraFine.getTime() < DataOraInizio.getTime()){
       alert("La data di fine è PRIMA della data d'inizio");
       form.DataOraFine.focus();
       form.DataOraFine.select();
       return false;
   }

   //Se arrivo qui vuoi dire che la data di fine è dopo la data d'inizio.
   //Calcolo l'intervallo tra le due in minuti.
   var diff = DataOraFine.getTime() - DataOraInizio.getTime();
   var minutes = Math.floor(diff / 1000 / 60);

   //Fai con la data dei minuti quello che vuoi
}