Se associ un altro ip al server puoi creare sotto IIS un website e associargli quell'ip e di conseguenza anche il dominio "nuovo". Per quanto riguarda la cartella a cui punta il sito, puoi metterlo dove vuoi, ma prenderei in considerazione l'opportunità di fare le cose con ordine, creando quindi sotto \wwwroot\inetpub\ due cartelle, una per ogni sito ospitato dalla macchina.