Allora, premetto che non ho mai usato JMagick e che la documentazione è, per usare un eufemismo, alquanto scarna. Comunque, sì, ti servirà installare ImageMagick su tutte le macchine in cui andrai ad utilizzare JMagick in quanto JMagick non è un "porting" in java di ImageMagick, ma semplicemente mette in comunicazione java con imagemagick.

Ciò detto, un paio di pagine che potrebbero esserti d'aiuto sono

http://jmagick.wiki.sourceforge.net/Using+JMagick

ed in particolare i primi due. A sentir loro, parrebbe semplice caricare e salvare da/in qualsiasi formato. Magari ci farai sapere.