Io copierei intestazioni e piè di pagina su blocco note, in modo da togliere ogni formattazione possibile nascosta, quindi da lì riselezionarei il testo e lo rimpiazzerei come intestazione e piè di pagina.

I fenomeni di "lampeggiamento" del testo a volte sono dovuti ai driver del monitor e/o della scheda video, oppure, se riferito soltanto a quel file, al processore "occupato" nello scorrere il documento che magari contiene molti oggetti multimediali al suo interno, oppure il file è molto frammentato ed occorre "andare a prendere" i vari pezzi sparsi nell'hard disk... --> Deframmenta.

Quanti MB pesa quel documento? Forse potresti "spezzarlo" in 4 file da 25 pagine ciascuno (esempio) se il tuo pc avesse problemi a gestirlo...