Su Linux esiste un tool che si chiama smartctl che serve per controllare/monitorare lo stato dell'hard disk, tramite lo SMART (Self-Monitoring Analysis and Reporting Technology System). Dovresti trovare un programma simile a questo o magari lo stesso portato per OS X in modo da avere evidenze, per lo meno, sullo stato fisico del tuo disco.
Intanto, come ha detto olivs, prova a riparare i permessi con Applications -> Utility -> Disk Utility