Non so se ho capito esattamente ciò che vuoi ottenere ma credo che se utilizzi height:100%; da solo non possa funzionare, devi definire un'altezza all'elemento genitore ad esempio:
codice:
body{height:100%;}
div{height:100%;}
in questo modo div ha un'altezza del 100%, nel caso invece sia un problema dei contenuti nei box flottanti ti consiglio un paio di articoli su come gestire il float.

Gestire gli elementi flottanti con clear left
Come gestire gli elementi flottanti con overflow:hidden;