Basta una query sulla tabella.

Al momento della registrazione, visto che sulla tabella non c'è un record relativo a tale utente, dovrai fare una INSERT, che credo tu già faccia.

Per inserire la data attuale basta fare così:
INSERT INTO tabella (campo1, campo2, ..., campo_timestamp, ...) VALUES ('valore1','valore2',...,now(), ...);

Per gli accessi dal secondo in poi dovrai avere una UPDATE
UPDATE tabella SET campo_timestamp=now();