I limiti sono quelli imposti dal filesystem in uso che, in genere, sono decisamente elevati e dipendono non tanto dal numero quanto dalla dimensione massima di dati memorizzabili per cartella.
In ogni caso, se i file da salvare occupano qualche kb, potresti arrivare anche a diversi milioni di file.

Il problema è un altro. Più il numero di file aumenta, più diventa lungo il tempo richiesto per la ricerca e l'accesso del file.
Ti conviene partizionare la cartella con un qualche algoritmo al fine di limitare il numero di file in una singola cartella.

Ecco un esempio più concreto.
http://www.37signals.com/svn/archive...rtitioning.php