Innanzitutto grazie per la risposta.Ho modificato il mio script cosi:

codice:
public class Calendario {
public static void main(String[] args){
	//Calcola la differenza tra due date:
	GregorianCalendar gcPrimo = new GregorianCalendar(2009,3,1,8,30,0);
	GregorianCalendar gcSecondo = new GregorianCalendar(2009,3,1,10,0,0);
	long differenza = gcSecondo.getTimeInMillis() - gcPrimo.getTimeInMillis();
	//DIFFERENZA = 5400000
	int ore = (int)(differenza/3600000); //60*60*1000
	int oreInMill = ore * 3600000;
	differenza = differenza - oreInMill;
	int min = (int)(differenza/60000);
	int minutiInMill = min * 60000;
	differenza = differenza - minutiInMill;
	int sec = (int)(differenza/60);

	System.out.println(ore + ":" + min + ":" + sec);
	//STAMPA : 1:30:0

}
}
Penso che funzioni, però pensavo che esistesse un metodo piu comodo, non si potrebbe impostare a monte il TimeZone di tutti i GregorianCalendar e poi far stampare la data dal toString?.