Puoi utilizzare la funzione system di PHP...

Se ad esempio scrivi il seguente codice all'interno di un tuo file PHP fai in modo che venga aperto Gimp 2.6 (ovviamente se lo stesso è installato sul tuo PC)

<?
$res=system("C:\Programmi\GIMP-2.0\bin\gimp-2.6.exe");
?>

PS: Guardati la documentazione relativa alla funzione System di PHP e vedrai che trovi quello che cerchi...