Scenario:
1)tu rilasci un eseguibile con versione 1.0,
2)ti memorizzi questa versione ogni volta che rilasci un eseguibile all'interno dell'eseguibile stesso.
3)Fai un nuovo eseguibile con versione 1.1 e lo piazzi in una share di rete immagino.
4)La versione 1.0 fai il check
FileVersionInfo myFI = FileVersionInfo.GetVersionInfo("filever1.1.exe"); //di cui sai il percorso.
5) se le versioni sono diverse fai uscire il popup.

Se lo scenario che ho ipotizzato non è idoneo a quello che hai in mente tu, cerca di spiegarti meglio su cosa devi fare, magari dandoci qualche dettaglio in più.