il sistema di copiare i file e' fattibile per le tabelle MyIsam a condizione di stoppare il server in modo da non avere file rimasti aperti, e, direi "solo" tra server della stessa versione.

Se fai un ricerca dei file devi trovare "sicuramente" da qualche parte user.*

Per quanto riguarda i backup ne puoi fare uno oppure molti... dipende dalla dimensione dei database. Occhio a non fare l'export/import del database mysql ... li ci sono le principali cose variate nella release.