Ciao,
credo che la soluzione al problema possa essere un semplice script php che ti faccia un DUMP delle tabelle sovrapopolate e poi cancelli i record più vecchi di una certa data. Ovviamente devi avere un campo di tipo date datetime o timestamp nlle tabelle. Allora che ne so supponi di voler cancellare ogni giorno i record appartenenti a tre giorni prima:

Codice PHP:
// presuppongo che la connessione al DB sia attiva
$table = 'tabella_interessata';
// se oggi è il 2009-04-29 otteniamo 2009-04-26
$last_3day  = date('Y-m-d', time()-3*24*60*60);

$query = "SELECT * FROM ".$table." WHERE date<'$last_3day' ORDER BY date";
$queryDB = mysql_query($query);
if(!$queryDB) {
    // errore nella query o nella connessione a DB
       exit();
} else {
    // initializzo l'array dei risultati
    $dbresults = array();
            
    $numberrows(mysql_num_rows($queryDB));
    if($numberrows > 0){
        while($rows=mysql_fetch_assoc($queryDB))
        {
            $dbresults[]=$rows;
        }
    }
}

// quindi $dbresults contiene le righe della tabella. Inizializzo la variabile $testo
$testo = '';
foreach($dbresults as $row) {
        // qui nonn so come si chiamano i campi...
        $campo1 = $row['campo1'];
        $campo2 = $row['campo2'];
        // etc.....
        $testo .= "\"$campo1\",\"$campo2\"/n";   // se hai piu' campi li metti tutti
        
}

// ok adesso bisogna salvara la variabile testo in un file csv ad esempio (si apre nei fogli di calcolo)
$file = "path_to_file/nome_file.csv";
$fw = fopen($file, 'w');
fwrite($fw, $testo);
fclose($fw);

// ed ora si possono eliminare i dati da DB (controlla prima però che la scrittura dei file vada a buon fine, possono esserci problemi di permessi etc...)

$query_del = "DELETE FROM ".$table." WHERE date<'$last_3day'";
$result = mysql_query($query_del);