Esattamente, cosa vorresti che facesse lo script?

Ora come ora, la funzione clicked aggiunge al body gli eventi onmousedown e onmouseup.
la funzione per levento onmousedown fa scattare un timer che alla scadenza chiama la doStuff() e fa apparire l'alert che sono passati 2 secondi.
la funzione onmouseup interrompe il timer e segnala che NON sono passati i due secondi.
tutto qua.

Tu dici che è sbagliato:

clicco nel background e si apre l alert (sbagliato)

ma, le funzioni sono 'attaccate' a eventi del body, quindi..
poi dici 'clicco' ma, in questo caso, dovresti parlare di:
"premo il pulsante del mouse, lo tengo premuto e, se lo rilascio prima che siano passati 2 secondi succede una cosa, se lo rilascio dopo ne succede un'altra".

Cerca di spiegare meglio ciò che vuoi che succeda...

Zappa