Il problema è che in quel modo inserisci una stringa all'interno dell'array. Cioè nell'array inserisci un solo elemento di tipo stringa uguale a "8,9";
Devi fare una cosa del tipo

Codice PHP:
$creo_array = array();
while(
condizione) {
  
// codice per tirare fuori ad ogni iterazione un $id diverso
  
$creo_array[] = $id

In questo modo ad ogni iterazione del ciclo viene inserito un NUOVO ELEMENTO nell'array $creo_array uguale a $id. Chiaro che $id deve cambierà ad ogni iterazione del ciclo.