innanzi tutto che SO hai?

dipende da quale voce vuoi modificare..

le voci HKEY_CURRENT_USER sono relative all'utente corrente, e sei sei admin modifichi quelle relative all'admin e non all'altro utente.
per modificare quelle devi aumentare un'attimo le permission all'utente interessato, modicarle, e poi rimetterlo com'era, cioè limitato.

come admin puoi modificare tutte le altre che non siano relative a HKEY_C_U

invece tra i servizi e gli utenti non c'è relazione. se è stoppato è stoppato per tutti.
se come admin parte e come utente limitato no c'è altro che nn va. prova a farlo partire come user system o administrator