Una delle cause dei rallentamenti può essere semplicemente un hd troppo pieno e/o molto frammentato... Ti consiglio quindi innanzitutto di provare a mettere su CD/DVD o hd esterno un po' di file attualmente residenti sul disco fisso, e deframmentare (con Auslogic Disk Defrag fai più velocemente...).

Se non risolvi, c'è qualche programma che occupa la CPU, volontariamente o in seguito a qualche infezione. La prima cosa che farei sarebbe di disattivare il firewall di Windows ed installarne un altro, almeno per provare...
Scansiona quindi con un antivirus (AVG 8.5), un antimalware (Malwarebytes), un antispyware (Spyware Terminator o altri...): tempo fa un problema simile al tuo si rilevò causato da un virus che aveva infettato il "motore di scansione" dell'antivirus...

Può essere utile anche analizzare un log di HiJackThis...

Per identificare quali processi sono coinvolti dal rallentamento, scarica Process Explorer e tieni sott'occhio quali processi usano la CPU durante quei 30 secondi: molto probabile che la CPU sia usata dal firewall.