Guarda, io sto affrontando il problema un passo alla volta.

Il perché ho scelto VB6 è che è sicuramente più compatibile su un sistema Microsoft di base (su un Windows XP Pro SP3 appena installato gira).

Poi il grosso lo farò fare ad un'applicazione C#, ma per poterlo fare ho prima bisogno di sapere se l'utente ha o no il framework.

Quindi in sostanza:

1° passo:
Mettere nell'exe VB6 un paccone zip contenente tutto.
2° passo:
Scompattare il paccone
3° passo:
Lanciare l'applicativo di controllo per il Framework (ne ho fatto uno molto idiota, in pratica mi crea un file txt con scritto ok, se non parte non crea il file e quindi il framework non c'è)
4° passo:
Lancio tutto il resto se il Framework c'è

Come concetto di base è semplice, è solo a far funzionare tutto, per ora fino al 3° passo ci sono arrivato, ora è solo da vedere il resto...