quell'avviso viene visualizzato solo da internet explorer e solo navigando le pagine tramite filesystem locale

tu navigheresti più agevolmente se ad ogni refresh di pagina dovessi autorizzare esplicitamente l'attivazione degli script. Io penso di no.

Per questo in genere tra le opzioni di tutti i browser è possibile disabilitare l'esecuzione degli script, in alcuni casi in modo selettivo per dominio di provenienza.