Ti basta il "blindare" i caratteri a seconda dell'utilizzo della stringa su cui vai ad operare.
Se la stringa deve essere salvata su database prima di salvare utilizzi "mysql_real_escape_string"
Se la stringa deve essere eseguita su shell prima di eseguirla utilizzi "escapeshellcmd()"/"escapeshellarg()"
Il "blindare" con "escape..." stringhe che vengono salvate su DB non porta nessun vantaggio a livello ne di protezione ne di altro.
Come il "blindare" con "mysql_real..." non da vantaggi su stringhe che devono essere eseguite su shell.
Anzi, forse pensandoci bene, potrebbero causarti degli spiacevoli problemi.

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