Giusto per verifica, prova a fare la stessa operazione su una directory creata dallo script stesso. Lì dovrebbe funzionare.
Non SAREBBE una cattiva idea, se non fosse che safe mode è attivo, ed io non posso fare nè mkdir, nè "cavarmi d'impaccio" con un posix_seteuid() ....

C'è per caso un modo per disabilitare il safe mode, NON tramite .htaccess, ma direttamente da script, in modo da disabilitarlo quando devo fare certe operazioni, e riabilitarlo subito dopo?