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Potrebbe essere un problema di ottimizzazione da parte del compilatore: se interviene il debugger forse la memoria viene gestita in modo più protetto. Sicuramente cmq. qualche sovrapposizione di puntatori, o qualcosa di analogo, c'è. Controlla bene i vari accessi alle matrici e tutte le operazioni ai puntatori. Inoltre, per capire dove esce, puoi usare il debug vecchia maniera: seminare in giro per il programma delle stringhe in stderr...