perchè pensi non sia semplice?
All'inizio di ogni pagina hai una roba del tipo:
Codice PHP:
$course_id = $_GET['id']   //poi le get e le post vanno sempre filtrate
if(!getAccess($course_id)) exit();
// altrimenti mostri i contenuti 
la funzione:
Codice PHP:
function getAccess($id) {
  $query = "SELECT * FROM tabella_corsi-utenti WHERE course='$id' AND utente='".$_SESSION['user']."'";
  $res= mysql_query($query);
  $tot=mysql_num_rows($res);
  if(sizeof($tot) >0) return true;
  else return false;
} 
Chiaramente campi, tabella, nomi di variabili di sessione li ho inventati. Ciao