Grazie tante F. Biccheddu.

Con una semplice mossa ho risolto sia per FLV che SWF:

- per i FLV ho aggiunto solo la riga

so.addParam('wmode','transparent');

nel codice javascript riportato sopra, dopo so.addParam('allowfullscreen','true'); e tutto funziona.

- per gli SWF ho aggiunto in <object type=......

wmode="transparent"

e anche qui tutto bene.

L'articolo segnalato sopra consiglia anche di aggiungere un piccolo file .js esterno che potrebbe servire con IE 6 0 7.

Grazie ancora e buon lavoro.