come dice mykol è molto strana come situazione, in linea di massima le prestazioni di una distribuzione live dovrebbero essere inferiori ad una installazione su disco e non viceversa.

soprattutto considerando i blocchi si potrebbe ipotizzare che ci siano problemi hardware al disco stesso.

potresti provare (da live) a fare un controllo con fsck sulla/e partizione/i potrebbe dare qualche risultato.