Ho risolto
Per chi avesse lo stesso problema fornisco la soluzione: il tutto è dovuto all'importazione di un file csv mediante PhpMyAdmin. Caricandolo così i caratteri risultano giusti in PhpMyAdmin, ma vengono mostrati sbagliati nelle pagine web. Ho ricaricato il csv da linea di comando e, nonostante in PhpMyAdmin i caratteri risultassero sbagliati, nel sito vengono giusti.