ultimamente, in un progetto in cui gia' usavo mootools, ho utilizzato fancyupload
http://digitarald.de/project/fancyupload/
al contrario di quello di andr3a, si basa su flash per permettere l' upload multiplo di file
(e ti permette di selezionarli gia' tutti nella finestra di browse)

unica limitazione che non sono riuscito ad aggirare e' l' esecuzione del file di upload in area protetta da .htpasswd
alcuni browser richiedono una successiva autenticazione per flash e non riescono a gestirla crashando; per esempio FF3 crasha, mentre IE7 riesce a portare a termine l' upload...
considerato il target l' ho potuto utilizzare ugualmente, fornendo un sistema di upload tradizionale in caso di problemi

ciao