cmq, è molto strana questa situazione.
Non capisco perchè mettendo sulla stessa macchina(che mi pare di capire è la dmz win 2003 virtualizzato) apache mysql e php vada lento.
prova a dare una priorità maggiore a php, apache e mysql...
vedi se cambia qualcosa, ovviamente a livello di prestazioni e ci fai sapere...