Sei sicuro che il software che stai tentando di lanciare può essere eseguito dall'utente che esegue il web server?
Non è che necessita di ricevere un input da parte dell'utente?
Il software è da linea di comando oppure ha un'interfaccia visuale?
Nel secondo caso, se il web server è avviato come servizio, gli viene permesso di interagire con il desktop?