Allora, partendo dalla risposta di piero.mac e utilizzando MySQL Administrator ho visto che le tabelle che importo sono INNODB.
Ho bisogno di spostare queste tabelle in un altro DB e fare delle azioni su queste.

Devo trasformare tutte le tabelle in MyISAM una per volta o c'è un comando apposito?
Inoltre alcune tabelle hanno il Foreign Key quindi quando le modifico non me lo permette.
Ho provato a cancellare le foreign keys ma continua a dirmi che non posso.

Non c'è un modo?

Grazie