La validazione va fatta passando al validatore l'url della pagina che vedrà l'Utente.
All'Utente, a prescindere dalla sua costruzione da parte del php, arriva comunque una pagina html, ed è quella che va validata.
Il server può costruire le pagine come vuole, l'importante è che invii all'Utente una pagina html con il suo bel DOCTYPE in testa.

HTH
Zappa