Hai riavviato il web server?
Hai controllato i log?
Hai verificato la presenza della direttiva PHPIniDir nei file di configurazione di Apache?
Hai verificato la presenza della variabile d'ambiente PHPRC?
Hai controllato il registro di sistema per IniFilePath?

Se Loaded Configuration File = (none) allora il php.ini che php legge realmente NON e' da un'altra parte, semplicemente NON legge alcun file php.ini