Ciao lattu79, cercherò di chiarirti i dubbi che hai, nei limiti delle mie conoscenze, partiamo da flash e i vari tipi di file che puoi creare, come puoi vedere quando crei un nuovo file, puoi farlo per actionscript 3.0, 2.0, adobe AIR e flash lite (per mobile), come credo tu sappia, flash oltre a gestire delle animazioni tramite timeline ha anche la possibilità di programmare con un linguaggio che si chiama actionscript, puoi farlo nella versione 2.0 o nella 3.0, considera che le due versioni del linguaggio sono molto diverse, se sei allo scuro di entrambi ti consiglio di imparare la 3.0. Con flash è possibile fare applicazioni/animazioni anche per cellulari che supportano il flash lite (cellulari con SO symbian) è possibile fare anche applicazioni con adobe AIR, uno degli ultimi prodotti adobe che ti permette di creare dei software installabili sul pc che interagiscono con il web (per farla semplice).
Come dicevo con flash puoi creare animazioni e applicazioni anche complesse con l'aiuto della timeline e del codice actioncript. quando crei un file puoi decidere che tipo di animazione/applicazione devi creare, cmq in fase di pubblicazione puoi cambiare le impostazioni (impostazioni di pubblicazione) per scegliere che versione di plug in deve usare il tuo lavoro. spero che come infarinatura generale ti possa andar bene. Ti consiglio cmq di leggere la guida flash del sito html.it