non sono sicura di avere capito bene...
era questo che volevi?
in opzioni ---> apetto trovi un flag:

Minimizza in trayicon
eMule può essere minimizzato in due modi. Uno è sulla system tray (accanto all'orologio), l'altro è sulla barra delle applicazioni (task bar). Con questa opzione attiva minimizzi emule sempre alla system tray. Se invece è disattiva, appare un pulsante in più sulla barra del titolo, consentendoti di minimizzare sia alla system tray sia alla barra delle applicazioni.

(come da help emule-project.net)