mi sembra che quel filtro funziona solo con FF, quindi probabilmente IE maledetto non da l'opacità e quindi i "sottolivelli" sono sotto il colore di sfondo del livello più un alto.

hai provato ad impostare la posizione dei div con il parametro z-index?

puoi vedere qui come usarlo
http://www.w3schools.com/Css/pr_pos_z-index.asp

ma basicamente, è un parametro che dice al browser se un "livello" è sopra o sotto un altro.



ricorda che quando usi quel filtro l'opacità verrà data a tutto il contenuto del div, in generale, quindi, a mno che tu non abbia due div sovrapposti (uno con lo sfondo e uno con il testo) anche il testo ne subirà gli effetti