Non so se è la soluzione migliore, ma puoi provare con:

codice:
#include <windows.h>
#include <stdio.h>

int main(int argc, char* argv[])
{
    SetConsoleTextAttribute(GetStdHandle(STD_OUTPUT_HANDLE), FOREGROUND_RED | BACKGROUND_BLUE);
    printf("test");
    return 0;
}
Ovviamente i colori che ho usato sono solo un esempio.

HTH,