Ciao
purtroppo non sono un esperto nella configurazione del server, comunque ho dato un'occhiata e non ho notato confogurazioni che potrebbero fare al caso. Nel php.ini c'è la configurazione delle magic quotes, ma mi sembra che tu abbia detto che sono disabilitate ed in ogni caso se si attivano hanno l'effetto di inserire gli slash nelle variabili $_REQUEST, e quindi l'effetto è quello di inserire slashes su db. mysql_real_escape_string funzione tra l'altro non mette slashes ai dati su db, come fa invece addslashes, quindi l'utilizzo di stripslashes nel recupero è piu' una questione di 'sicurezza' che altro, sai magari uno utilizza db esterni oppure importa dati da altri db, e non sei sicuro che tutti abbiano utilizzato il tuo standard.
Comunque morale della favola mi spiace ma non so aiutarti, che io sappia apache non ha impostazioni di configurazione riguardanti inserimenti in db etc, anche perchè ne è indipendente.
Spero tu possa risolvere. Ciao!