x es. se richiamando questo apri la finestra da home
window.open('percorso/documento.htm','tuaFinestra','width=200');

chiudi la stessa finestra da qualsiasi (altro) documento con
window.open('','tuaFinestra').close();

in pratica devi poterti riferire nuovamente allo stesso oggetto window (identificato dal secondo argomento del window.open, nell' esempio 'tuaFinestra', niente spazi o caratteri strani, non solo numeri ne' inizio numerico) prima di poter operare con esso, in questo caso chiuderlo

ciao