Ciao,
non mi è chiaro cosa intendi per multiazienda, l'azienda è una discriminante tale per cui un account in base alla sua azienda vede una parte dell'intranet o è semplicemente una informazione da aggiungere alle varie sezioni?

Più che i cookies e sessioni secondo me dovresti fare un analisi di cosa possono fare gli utenti e capire se la struttura del database permette di discriminare l'utente con le sue policy di accesso.

Ciao