Un metodo è attivare un profiler per controllare in quale punto dello script vengono consumate la maggior parte delle risorse (in termini di codice PHP).
Per il carico MySQL, crea una funzione ad-hoc (es. my_mysql_query()) e sostituiscila a tutte le chiamate mysql_query(). Questa funzione dovrebbe creare un log per ogni richiesta con il numero di query. Poi navighi un po' sul sito e controlli i log per vedere quale tipo di richieste esegue un numero insoluto di query.
Poi passi all'ottimizzazione.