Hai progettato male il tuo database senza normalizzarlo e adesso ti trovi a dover pasticciare.
Codice PHP:
$query = mysql_query("select materia from tabella");
$array = array();
while ($row = mysql_fetch_assoc($query)) {
foreach(explode(',',$row['materia']) as $materia)
$array[] = trim($materia);
}
echo '<pre>';
print_r($array);
print_r(array_count_values($array));