Hai progettato male il tuo database senza normalizzarlo e adesso ti trovi a dover pasticciare.

Codice PHP:
$query mysql_query("select materia from tabella");
$array = array();
while (
$row mysql_fetch_assoc($query)) {
  foreach(
explode(',',$row['materia']) as $materia)
    
$array[] = trim($materia);
}
echo 
'<pre>';
print_r($array);
print_r(array_count_values($array));