tooltip e scroll

[buribus]

ciao fiorentinese innanzitutto tutto ti consiglio di installare firefox e l'estensione firebug, che ti puo' essere molto utile per il debug dei tuoi script, e non solo.
Il conflitto deriva dal fatto che hai utilizzato lo script sbagliato per lo scroll dei link: infatti il codice che hai postato è quello relativo a Prototype e Scriptaculous.
prova quindi ad integrare con il tuo menu l'esempio giusto che utilizza JQuery: Scrolling link JQuery

In questo caso non utilizzerai più il metodo document.observe(che è proprietario di Prototype), ma l'equivalente di Jquery $(document).ready.

$(document).ready(function(){

    $("#menuInternoSuperiore a").hover(function() {
        $(this).next("em").animate({opacity: "show", top: "-40"}, "slow");
    }, function() {
        $(this).next("em").animate({opacity: "hide", top: "-40"}, "fast");
    });

    $('a[href^=#]:not([href=#])').click(function(e){
          $('html, body').animate({ 
                 scrollTop: $($(this).attr("href"))
                 .offset().top }, 1000);
            e.preventDefault();

     });
    
});