Già CCleaner ripulisce il registro, eliminando i files e le estensioni inutili. E' una delle sue funzioni, non so se l'hai mai usata.

Esistono comunque anche altri tools di pulizia, alcuni li trovi elencati nel primo link in rilievo in questa sezione del forum.

Una pulizia e una deframmentazione ogni tanto (che già esegui) rendono spesso superflua ogni formattazione.